Consiste na redução do número de microrganismos a um nível que não prejudique a qualidade microbiológica dos alimentos. Tem por finalidade a redução até níveis aceitáveis de microrganismos contaminantes que se encontram aderentes a equipamentos, utensílios, pavimentos, paredes, que não tenham sido removidos pela pré-lavagem e detergência. Não há uma boa desinfecção sem uma prévia lavagem. Os procedimentos e agentes desinfectantes raramente conduzem à ausência completa de microrganismos.